1945年8月10日,日本陆军参谋本部为了掩盖研制和使用细菌武器的罪恶行径,派作战课参谋朝枝繁春乘飞机到新京(长春)向石井四郎传达了参谋总长关于七三一部队撤退的命令。接到指令后,七三一部队开始毁灭罪证。七三一部队的大部分人员分别乘专列或专机仓惶逃回日本,只有靠近中苏边境的4个支队的少部分人员被苏联红军俘获。在东京审判中,由于美国的庇护,石井四郎等细菌战犯逃脱了审判。