1945年8月10日，日本陆军参谋本部为了掩盖研制和使用细菌武器的罪恶行径，派作战课参谋朝枝繁春乘飞机到新京（长春）向石井四郎传达了参谋总长关于七三一部队撤退的命令。接到指令后，七三一部队开始毁灭罪证。七三一部队的大部分人员分别乘专列或专机仓惶逃回日本，只有靠近中苏边境的4个支队的少部分人员被苏联红军俘获。在东京审判中，由于美国的庇护，石井四郎等细菌战犯逃脱了审判。

　　1945年8月11～15日，为保证七三一部队安全快速撤离，关东军特批了十几个专列，并指示要一路优先放行。七三一部队前后开出15列火车，每列火车20节车厢，七三一部队人员和家属全部撤离。上层军官乘坐飞机逃跑，石井四郎乘坐着由他的女婿增田美保少佐驾驶的飞机逃回了日本。这是关东军唯一整建制撤离回国的部队。

　　第一组   撤退回国

　　1945年8月11～15日，为保证七三一部队安全快速撤离，关东军特批了十几个专列，作为带有特别机密的军用列车来对待，并指示要一路安全放行。在经过的主要车站，都配置了许多宪兵，保证这些列车优先通过。七三一部队前后开出15列火车，每列火车20节车厢。8月11日开始队员的家属撤离。1945年8月13日，石井四郎等高等官员携带者核心机密资料乘坐专机回到日本，其余队员则乘坐特别列车从哈尔滨出发，经由吉林通化，辽宁丹东，韩国釜山，最后坐船逃回日本。这是关东军唯一整建制撤离回国的部队。

　　 七三一部队逃跑路线示意图

　　《关东军防疫给水部满洲第六五九部队复七名簿》封面

　　 《关东军防疫给水部满洲第六五九部队留守名簿》封面

　　六七三支队长西俊英关于烧毁资料和战败溃逃的证言

　　1945年8月9日深夜，他接到了石井四郎部队长拍来的密电，他还没有弄清楚密码的内容，就颁发了销毁罪证的命令。起初，他们没有想到日本会投降，打算退到山林里，实行集体自杀。后来，他们接到了师团长命令后就有秩序地投降了，其中只有1人服毒自杀。他供认：“1945年8月11日至12日，因苏联军队已在举行进攻，为了掩盖日本关东军制造细菌战武器以及第731部队中由我领导的第673支队参与此种罪行的事实，于是我命令把本支队的公务房屋、住宅、设备、材料和文件统统烧毁了。为了同样的目的，1945年8月14日，按我的命令，发给了本支队全体128人每人一剂毒药，要他们遇有被苏军俘虏的危险时即服毒自尽。”

　　《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》，外国文书籍出版局印行，1950年

　　七三一部队航空班队员松本正一关于驾驶飞机逃回日本的证言

　　提问者：最后把飞机烧了之后，干什么了？

　　松本正一：“以后就各自随便行动了，也没有熟悉的人了。因为我打算乘重型轰炸机回去，所以把行李都装上飞机了。虽然我想明天天一亮就回去，可是飞机陷入了机场跑道边缘的松柔的土地里出不来了，死心了。那天晚上，中国的军队呀、做苦力的人们蜂拥而来，把飞机中的物品全都拿走了。还有六七架没燃烧放在那里的飞机。队长的夫人是乘坐增田的飞机走的，其后大尉驾驶双发动机的飞机一边联络，一边说我还回来，起飞了。因为有两架双发动机的轻型轰炸机，所以我在他之后起飞了。驾驶轻型轰炸机飞到奉天，住到宿舍就听到无线电播的天皇陛下宣布的终战诏书，不太明白在做什么呢。从奉天向现在的北朝鲜的平壤出发后，我感觉的然后就是只回内地了，所以感到放心了。机场有很多机械工，飞机也剩下很多，隐藏着很多还没有飞行过的飞机。增田对我说：“哪一架都可以，开吧。”我给新的飞机加满汽油停在跑道旁边，心想明天就驾驶这架飞机返回内地。那天晚上不知是谁先给开走了，早晨起来一看，已经没有了。正在为难时，机械员带我到各处去，为我找到了一架在最前线使用的小型侦察机，我驾驶那架飞机从南朝鲜越过对马海峡，返回到福岗市的雁之巢。因为部队人员全都乘货车回来了，剩下的只是我一个人。”

　　金成民、中野胜：《日本军细菌战原队员证言集》，黑龙江人民出版社，2009年

　　第二组   石井训令

　　石井四郎在撤退时，曾对七三一队员下了封口令：

　　“七三一部队的秘密，要永远守口如瓶。如果有谁泄露了军事秘密，我石井就是追到天涯海角也要将泄密的人揪出来！”

　　1.返回故里也要隐瞒自己曾在七三一部队服役的事实，掩饰自己的从军履历。

　　2.不得担任一切公职。

　　3.严禁部队成员相互联络。

　　他严厉地命令：“七三一部队的秘密要带入坟墓！”