1945年8月10日开始，七三一部队按照命令，本部人员纷纷炸毁设备、建筑，焚毁档案资料，残杀实验“活体”，焚尸化骨，掩埋残骸，杀死或放跑带菌动物等。除石井四郎把一部分特别重要的资料带回日本外，剩余的证据全部销毁。动用工兵炸毁了大部分建筑物，用毒气杀害了关押在特设监狱里的“马路大”。

　　第一组 焚毁资料

　　1．参谋本部要求七三一部队销毁证据尽快撤退

　　1945年8月9日零点，苏军向关东军发起了全面进攻。就在当日凌晨4点，东京参谋本部作战室朝枝繁春中佐打电话通知关东军司令部，称“七三一部队不能落入苏军手中”，关东军总司令山田乙三随即签署了令七三一部队毁证撤退的命令；10日，朝枝繁春又直飞长春军用机场亲自向石井四郎传达了参谋总长的特别命令：

　　1）贵部迅速全部地毁坏之，队员一刻不留地尽快返回日本本土，一切证据物件，必须永远从这个地球上消失。

　　2）为此，由驻哈尔滨独立混成第一三一旅团派出工兵部队，配属贵部，爆破贵部一切设施。

　　3）建筑物内的“马路大”，用电动机处理之，然后投入贵部锅炉焚毁，其灰倒进松花江里。

　　4）贵部53名细菌学博士医官，使用贵部飞机直接运送回日本。

　　2．部署毁证和撤退

　　8月10日晚，七三一部队召开了部署撤退的会议。石井四郎对七三一部队的撤退提了五点要求：“一是保守七三一部队的秘密；二是派西俊英向七三一部队各支队传达毁灭证据和全体队员自杀的命令；三是准备命令住在东乡村的七三一部队队员和全体家属也自杀；四是杀死全部‘马路大’，并炸毁细菌工厂；五是七三一部队全体队员统一撤退到通化。”石井四郎让部队队员和东乡村家属自杀的意见遭到了菊池斋少将等人的强烈反对，最后他不得不让步，同意队员家属立即撤退。

　　3．焚毁档案资料和仪器

　　1945年8月10日开始，七三一部队全营区实行了戒严，全体官兵秘密地投入了毁灭证据的活动。把各研究班保存的大量实验资料被打成捆，装入箱子里，用马车或汽车运到动力班的锅炉房，统一销毁处理，连装细菌的玻璃瓶、试管、显微镜以及各种仪器都被投入锅炉内烧掉了。

　　

　　七三一部队溃逃时焚毁的资料残片

　　

　　七三一部队溃逃时焚毁的资料残片

　　

　　七三一部队溃逃时焚毁的资料残片

　　

　　七三一部队溃逃时焚毁的资料残片

　　

　　 印有田中技师头像的报纸成为销毁罪证的凭据

　　 

　　劳工韩建国关于溃逃前夕七三一部队烧毁资料和炸毁设施的证言

　　 

　　 劳工苏海洋关于溃逃前夕七三一部队烧毁资料的证言

　　 

　　 劳工金国忠关于七三一部队焚烧资料和炸毁四方楼的证言

　　  

　　劳工于连奎、候安钦、金国忠、刘茂清关于七三一部队溃逃前的证言劳工于连奎、候安钦、金国忠、刘茂清关于七三一部队溃逃前的证言

　　

　　第二组 毒杀“马路大”

　　在焚烧资料、仪器设备的同时，特别班使用毒气杀死被关押在“特设监狱”里的“马路大”，对未被毒气杀死的人直接使用枪杀，然后由特别班队员，搬运、处理尸体，后由于需要处理的尸体太多，又叫来少年队队员。这些少年队员就进入到特设监狱，开始将马路大的尸体拖到室外。将尸体置于坑中焚烧，但由于数量过多，无法烧透，便将尸体装入麻袋，投入松花江。一部分运到部队附近的洼地里埋掉。为了掩人耳目，竟在人尸上边摆放几具马骨。

　　 

　　第三组 炸毁设施

　　从1945年8月10日起，七三一部队开始毁灭罪证，炸毁设施。13、14日，将七三一部队主要建筑设施四方楼细菌实验室、特设监狱、冻伤实验室、病毒实验室、结核菌实验室等炸毁。由于四方楼和特设监狱是用特殊钢材和将近50厘米厚的钢筋水泥建成的，将其炸毁很难。8月13日开始，为了炸毁四方楼，开始在四方楼东边的机场上摆上山炮，确认在院子的七栋、八栋里工作的人员出来后，用山炮向四方楼的墙体发射了炮弹。但炮弹被反弹回来，建筑物没有受到丝毫的影响。后来又调来了野战炮，但是炮弹射入四方楼内对墙体也没有影响。他们发射了炮弹两个小时，没有什么效果就撤退了。到了傍晚5点钟，驻哈尔滨日军独立混成一三一旅团长宇部少将派石原工兵大队长指挥工兵及七三一部队的队员在四方楼内的地板、楼梯下挖深坑，在多处装置炸药进行爆破。引爆后，火光冲天，黑烟滚滚，爆破声震耳欲聋，在哈尔滨市居民都听到了这种爆炸声。在烈火中，工兵和七三一部队队员费了很大劲才彻底炸毁了四方楼，有的工兵和七三一部队的队员头部被火药爆炸时飞散的混凝土块击中，受了重伤。

　　

　　被炸毁的铁路专用线和锅炉房

　　

　　被炸毁的锅炉房

　　

　　 被炸毁的锅炉房

　　

　　被炸毁的锅炉房

　　

　　被炸毁的锅炉房内部

　　

　　被炸毁锅炉房

　　

　　被炸毁的动力班锅炉房

　　

　　被炸毁的动力班锅炉房

　　

　　被炸毁的动力班锅炉房

　　

　　被炸毁的细菌实验室及特设监狱

　　

　　被炸毁的细菌实验室及特设监狱

　　

　　被炸毁的细菌实验室及特设监狱

　　

　　被炸毁的细菌实验室及特设监狱

　　

　　被炸毁的细菌实验室及特设监狱

　　

　　被炸毁的细菌实验室及特设监狱

　　

　　被炸毁的细菌实验室及特设监

　　

　　被炸毁的细菌实验室及特设监狱

　　

　　 被炸毁的细菌实验室及特设监狱

　　

　　被炸毁的细菌实验室及特设监狱

　　

　　被炸毁的细菌实验室及特设监狱

　　

　　被炸毁的细菌实验室及特设监狱

　　

　　被破坏的锅炉房残迹

　　

　　锅炉房被炸残迹

　　

　　锅炉房被炸残迹

　　

　　被炸毁的日军一〇〇部队遗址

　　

　　地下通道炸毁后遗迹

　　

　　四方楼被炸残迹

　　

　　被炸毁的细菌武器培养设备

　　

　　石井式瓷制炸弹碎片堆

　　

　　劳工潘义明关于七三一部队炸毁四方楼等设施的证言

　　 

　　劳工车朝义关于战败前七三一部队烧毁设施的证言

　　 

　　 

　　2014～2015年细菌实验室及特设监狱遗址出土实物