1932年， 石井四郎发明了滤水器，并取得国家专利。“帝国医疗株式社会”从陆军那里接受订货，大量生产石井式滤水器。为了推行这种滤水器，石井四郎曾在参谋本部进行宣传，让参谋集合起来，他用滤水器将参谋本部前的池水加以过滤，自己当场喝下，证明没有细菌。“据说石井四郎曾把自己的小便用的滤水器过滤成透明的清水，带到陆军参谋总部，让大家看着他喝光。”他用这种方法证明滤水器性能非常出色。

　　七三一部队迁到平房以后，由三部负责防疫给水的研究和生产滤水器，并多次进行防疫给水演习。在诺门罕战争中，731部队派出防疫给水班直接参加了战场上的防疫给水。

七三一部队的防疫给水研究，在1932年于日本国内的陆军军医学校内设的细菌研究室内就开始了防疫给水的研究。1934年，在哈尔滨南岗的加茂部队，即关东军防疫部组织专门力量进行防疫给水的研究。其后石井四郎以夺取松风滤水机制造株式会社的特许专卖权为基础，造出细菌战必不可少的“卫生滤水机”。不久又和部下胜矢技师，设计了防毒时必须使用的器材—毒性测量器。从此时起，七三一部队利用野外演习场，多次地进行防疫给水活动的演习。

第一组石井式滤水器

　　石井式滤水器是一种细菌过滤器，它以硅藻土烧成的素陶器做过滤，将河水、井水及污水通过素烧微粒子排除细菌，净化饮用水。大的有油罐车那么大（滤水车），小的可随身携带，像玩具水枪那么小（滤水器）。 除海水外（含盐分大的水），无论什么样的泥水都能过滤。滤水车是放大了的滤水器，车厢用木料制作，以便在一旦遇到敌人有被缴获的可能时，能够立刻当场烧毁。

　　1939年，七三一部队已生产出甲、乙、丙、丁等型滤水器和汽车改装的大型滤水车。